韶关市疾病预防控制中心是在原来韶关市卫生防疫站基础上、撤并原武江、浈江、北江三个区防疫站，于2001年8月组建的直属韶关市卫生局的副处级卫生事业单位，加挂韶关市卫生检验中心牌子，是全市疾病预防控制、卫生监测检验和卫生学评价的技术中心。中心内设办公室、人事科、财务科、质量控制管理科、流行病科、寄生虫病防治科、免疫规划管理科、公共卫生科、消毒杀虫科、防治门诊部、微生物检验科、理化检验科等12个科室。
中心成立6年以来，在市委、市政府和上级卫生主管部门的正确领导下，在各有关部门和全市人民的大力支持下，中心领导班子带领全体员工，理清了工作思路，明确了奋斗目标，创建了“技术一流、服务一流、管理一流”的地市级疾控中心，贯彻执行 “科学、公正、准确、优质”的质量方针，弘扬“求真、务实、开拓、进取”的疾控精神，积极履行工作职能，快速、高效处置该市发生的传染病疫情、食物中毒等突发公共卫生事件，全力以赴开展救灾防病工作，为我市实现大灾之后无大疫，为保障全市人民身体健康和促进韶关经济的腾飞作出了突出贡献，取得了辉煌的业绩。中心先后获得了全国消灭脊髓灰质炎先进集体、全国实现消除碘缺乏病阶段目标先进集体、全国学生常见病防治先进单位、广东省爱国卫生先进单位、广东省生物制品管理先进单位、广东省先进基层党组织、韶关市创建广东省文明城市先进单位、韶关市文明示范窗口单位、韶关市抗洪救灾先进单位等国家、省、市荣誉称号18项，获韶关市科技进步二等奖3项、三等奖2项。
新落成的市疾控中心综合大楼位于市区工业西路, 占地面积9866.2平方米，建筑面积8710平方米，总投资近2000万元。该项目是2004年市政府为民办9件实事之一，也是我市第一个代建制试点工程，2004年12月29日奠基，经过2年时间的紧张施工建设，克服重重困难，现在终于落成启用了。这是我市公共卫生体系建设的一件大事，将标志着我市的疾病预防控制事业进入一个新的里程碑，将使我市的疾病预防控制、卫生监测检验功能得到进一步完善，对重大疾病预防控制和疫情监测的水平得到进一步提高，对重大突发公共卫生事件的快速处置能力得到进一增强，为保护我市人民群众的身体健康提供了坚强的后盾。
2021年2月26日，入选“2020年度韶关市学雷锋活动示范点”拟表彰名单。